Softaculous viene aggiornato continuamente in modo che la compatibilità con le nuove versioni di CMS, plugin ecc. sia sicura e funzionale,  l'aggiornamento degli script avviene non appena viene rilevata una nuova versione, se in fase di installazione è stata selezionata la voce aggiorna automaticamente lo script, lo stesso verrà aggiornato in modo automatico; diversamente invece riceverete soltanto la notifica dell'aggiornamento che dovrà essere effettuato manualmente o da softaculous stesso o dal  backend ( area amminstrativa ) del vostro CMS.